Ia bergabung dengan Partai Demokrasi Indonesia (PDI) pada tahun 1987. Kwik lalu terpilih mewakili PDI sebagai anggota Badan Pekerja MPR. Saat Megawati Soekarnoputri menjadi Ketua Umum PDI yang berubah nama menjadi PDI Perjuangan (PDI-P), Kwik menduduki jabatan Ketua DPP merangkap Ketua Badan Penelitian dan Pengembangan. Bersama PDI-P, Kwik pernah menjadi Wakil Ketua MPR RI. Pada era Presiden Abdurrahman Wahid (Gus Dur), Kwik ditunjuk sebagai Menteri Koordinator Bidang Ekonomi, Keuangan, dan Industri (Ekuin) periode 1999-2000. Tahun 2001-2004, Kwik mendapat amanah dari Megawati Soekarnoputri untuk menjabat Menteri Perencanaan Pembangunan Nasional dan Ketua Bappenas. Tahun 2025, Kwik Kian Gie mendapat penghargaan Bintang Mahaputra Adipradana.Selain bidang ekonomi dan politik, Kwik juga sangat peduli pada dunia pendidikan. Pada 1954, ia ikut berperan mendirikan SMA Erlangga di Surabaya, Jawa Timur. Tahun 1968, Kwik menjadi pengurus Yayasan Trisakti, yayasan yang menaungi Universitas Trisakti, Jakarta. (*)